Les packages EpiSignalDetection et EpiReport disponibles sur le CRAN

19 novembre 2018

Deux nouveaux packages R destinés à l’analyse biostatistique en santé publique ont été développés pour le compte du European Center for Disease Prevention and Control (ECDC) par notre épidémiologiste Lore Merdrignac. Nous vous en présentons ici le détail.

EpiSignalDetection propose une application « Shiny » visant à explorer les séries chronologiques pour détecter d’éventuelles épidémies en utilisant les données de surveillance des maladies infectieuses au niveau de l’UE/EEE ou des pays. L’utilisateur peut importer des données externes dans l’application « Shiny » et effectuer des analyses de base de détection de signaux. Le package permet également de produire des rapports automatisés au format HTML, présentant les résultats de l’analyse des séries chronologiques sous forme de tableaux et de graphiques. Ce rapport peut également être stratifié en fonction des caractéristiques de la population (voir la variable « Population »).

EpiReport permet à l’utilisateur de rédiger un rapport épidémiologique similaire au Rapport épidémiologique annuel de l’ECDC en format Microsoft Word pour une maladie donnée. Grâce à des fonctions autonomes, EpiReport permet générer des résultats spécifiques à chaque maladie présentée dans ces rapports, en utilisant les données d’exportation de l’Atlas de l’ECDC.