Outils informatiques pour l'investigation des épidémies

But: Cette formation vise à renforcer les connaissances et les compétences des participants concernant l’utilisation d’applications logicielles pour investiguer des épidémies de maladies transmissibles.

 

Objectifs

Les objectifs incluent :    

  • Bref examen des éléments d’épidémiologie descriptive et analytique : études cas-témoin, études de cohorte, analyses stratifiées et multivariables, biais, choix d’un groupe de référence, contrôle des facteurs de confusion et schema d’étude
  • Concepts et principes de la gestion de bases de données, y compris bases de données relationnelles


Les compétences à acquérir incluent :

  • Créer un formulaire de saisie électronique (sur ordinateur ou Internet) à partir d’un questionnaire papier
  • Saisir (double saisie des données), fusionner, valider et nettoyer les données, gérer des ensembles de données
  • Créer des courbes épidémiques et travailler avec les dates et heures dans Epidata ou Excel
  • Cartographie
  • Calculer la puissance de l’étude et la taille de l’échantillon pour différents schémas d’étude
  • Choisir aléatoirement les témoins
  • Procéder à une analyse d'études de cohorte et cas-témoin (appariées), condiure des analyses stratifiées et multivariables
  • Rédiger un rapport d'investigation d'épidémie, interpréter les résultats des différentes analyses.


Les compétences acquises permettront aux participants, à la fin de la formation, de mener les activités suivantes de façon autonome :

  • Planifier et effectuer l'analyse descriptive d’une épidémie : temps, lieu, personnes.
  • Choisir entre différents schémas d'étude et effectuer une étude analytique au cours d'une épidémie ; analyser les données obtenues.
  • Communiquer les résultats d’une investigation d’épidémie

Contenu

  • Introduction à l’investigation d’épidémie, études de cohorte et cas-témoins
  • Module 1 : création d’un questionnaire
  • Module 2 : saisie et validation des données
  • Module 3 : épidémiologie descriptive
  • Module 4 : analyse des caractéristiques temporelles (courbe épidémique...)
  • Module 5 : analyse des caractéristiques de lieu (cartographie des cas...)
  • Module 6 : épidémiologie analytique, analyse bivariable
  • Module 7 : épidémiologie analytique, analyse stratifiée
  • Module 8 : épidémiologie analytique, analyse multivariable
  • Module 9 : communication

Méthodes et matériels

  • De courtes présentations formelles sur des sujets représentant 20% de la durée de la formation (7 heures). Chaque présentation dure 30 minutes. Le matériel utilisé pour les présentations PowerPoint® a été développé pour EPIET et EpiConcept par les facilitateurs proposés par EpiConcept.
  • Des activités informatiques interactives avec études de cas pratiques (80% du temps). Les bases de données et les études de cas sont développées à partir  d’études  réelles.  Au cours de cette activité, les animateurs fourniront un contexte aux exercices, expliqueront les concepts nécessaires et répondront aux questions des participants.
  • Des travaux pratiques avec les outils logiciels utilisés dans les investigations d’épidémies : EPIDATA (http://www.epidata.dk/), MS-Excel, STATA (http://www.stata.com/) ou EPIINFO7.


Le logiciel utilisé sera Epidata, STATA ou EPIINFO7. D’autres logiciels comme Voozanoo, Google maps, WEPI, etc. seront présentés. EpiConcept dispose d’une licence d’enseignement de StataCorp, société créatrice de l’application STATA. Des CD STATA seront fournis aux participants pour la durée de la formation.

Prérequis

Expérience dans l’investigation d’épidémies

Animateurs et informations pratiques

Formation principalement en anglais, mais peut être dispensée en français

Programme du cours

JOUR 1: 

Durée Séance Objectifs d'apprentissage
Description des activités
1 heures Introduction
  • Comprendre les objectifs et les méthodes de l’atelier
Présentation : Introduction au module et étude de cas
Pause café
5 heures

Présentation du questionnaire et des logiciels

Module 1 : Créer un questionnaire

À la fin du module, les participants seront capables de :

  • Comprendre les propriétés des variables, et leur codage
  • Concevoir des formulaires de collecte de données
  • Traiter les valeurs autorisées, les données manquantes, les procédure de contrôle
  • Mettre en œuvre des enchaînements de questions
  • Créer des champs calculés automatiquement
  • Comprendre les avantages et les limites de la saisie de données classique et sur Web

 

  • Présentation
  • Comment créer un questionnaire
  • Exercice
  • À la fin du module, les participants auront chacun créé un questionnaire dans différents formats en utilisant l’étude de cas fournie.

 

JOUR 2: 

Durée Séance Objectifs d'apprentissage Description des activités
3 heures Module 2 : Saisie et validation de données

À la fin du module, les participants seront capables de :

  • Naviguer à travers le formulaire et chercher des documents particuliers
  • Valider les données par une double saisie
  • Nettoyer les données
  • Fusionner des bases de données

 

  • Présentation
  • Exercice
  • Les participants seront divisés en trois groupes de 10 participants chacun. Chaque groupe utilisera une méthode de saisie de données différente (classique, sur le Web).
  • À la fin du module, les participants auront chacun saisie, fusionné et validé des données en utilisant l’étude de cas fournie.
3 heures Module 3 : Épidémiologie descriptive

À la fin du module, les participants seront capables de :

  • Définir de nouvelles variables
  • Affecter des valeurs et recoder
  • Créer des programmes
  • Sauver les résultats, enregistrer les nouveaux fichiers de données
  • Écrire des commandes pour l’analyse

 

  • Présentation
  • Exercice
  • À la fin du module, les participants auront chacun défini toutes les variables nécessaires à la partie descriptive de l’analyse en utilisant l’étude de cas fournie
    Synthèse
  • Clôture de la journée

 

JOUR 3 : 

Durée Séance Objectifs d'apprentissage Description des activités
3 heures Module 4 : Heure

À la fin du module, les participants seront capables de :

  • Tracer des courbes épidémiques, gérer les données de dates et d’heure

 

 

  • Présentations
  • Exercice
À la fin du module, les participants auront effectué des exercices avec différents logiciels et bases de données à partir d’investigations d’épidémies
Pause café
3 heures Module 5 : Lieu

À la fin du module, les participants seront capables de :

  • Cartographier et gérer des données géographiques
  • Présentations
  • Exercice
  • À la fin du module, les participants auront effectué des exercices avec différents logiciels et bases de données à partir de systèmes de surveillance de routine

 

JOUR 4 : 

Durée Séance Objectifs d'apprentissage Description des activités
3 heures Module 6 : Épidémiologie analytique - Analyse bivariable

À la fin du module, les participants seront capables de :

  • Décider du schéma d’étude analytique
  • Calculer la taille de l’échantillon et la puissance de l’étude
  • Sélectionner les témoins (appariés, non appariés)
  • Procéder à une analyse à variable unique pour les études de cohorte et cas témoins
  • Discuter des différences de résultats entre différents schémas d’étude

 

  • Présentations
  • Exercice
  • À la fin du module, les participants auront analysé les bases de données d’études de cas fournies et comparé les différents schémas d’étude
Pause café
3 heures Module 7 : Épidémiologie analytique - Analyse stratifiée

À la fin du module, les participants seront capables de :

  • décider des stratégies pour mener une analyse stratifiée et une segmentation de courbes épidémiques

 

  • Presentation
  • Exercice
  • À la fin du module, les participants ont effectué et interprété une analyse stratifiée, une segmentation de courbes épidémiques à l’aide de la base de données de l’étude de cas fournie.

 

JOUR 5:

Durée Séance Objectifs d'apprentissage Description des activités
3 heures Module 8 : Épidémiologie analytique - Analyse multivariable À la fin du module, les participants seront capables de comprendre le principe de la régression logistique
  • Présentation
  • Exercice
À la fin du module, les participants auront effectué et interprété une analyse multivariable à l’aide de la base de données ensemble de données de l’étude de cas fournie.
Pause café
2 heures Module 9 : Communication À la fin du module, les participants auront préparé l’ébauche d’un rapport ou d’une présentation orale (avec les tableaux et graphiques correspondants) de l’investigation utilisée dans l’étude de cas. Exercice
Pause déjeuner
1 heures Évaluation de la formation

Évaluation de la formation et clôture

La formation sera évaluée par :

  • Des questionnaires quotidiens complétés par les participants
  • Une discussion ouverte à la fin de la formation